Ehli Beyttendir. Ünlü imam Cafer-i Sadıkın babasıdır. Soyu, baba tarafından Hz. Hüseyine (ra), anne tarafından da Hz. Hasana (ra) dayanmaktadır. İmamet silsilesinin beşinci halkasını oluşturmuştur. Babası Alinin vefatından sonra İmamet makamına geçmiş ve yirmi yıla yakın insanlara doğru yolu göstermeye çalışarak, hidayetlerine vesile olmuştur. Hz. Ebu Bekir (ra) ve Hz. Ömere (ra) saygısızlık edilmesine müsaade etmemiş, bu iki büyük sahabeye daima sevgi ve hürmetini dile getirmiştir. Risale-i Nurda ismi zikredilmiş, nakledenler arasında kendisinin de bulunduğu Peygamber Efendimizin (asm) bir bereket mucizesine yer verilmiştir. Künyesi Ebu Cafer Muhammedül-Bakır bin Ali bin Hüseyn bin Ali bin Ebu Talib şeklindedir.
Muhammed, 676 yılında Medinede doğdu. Aralarında Hz. Cabir ve Enesin (ra) de bulunduğu bazı sahabelerin dönemine yetişme ve onları görme şansına sahip olduğu için tabiin arasına dahil oldu. Özellikle fıkıh dalında olmak üzere İslami ilimlerde eğitim görerek önemli aşamalar katetti. Peygamber Efendimize (asm) olan benzerliğinden ötürü sahabe Cabir bin Abdullahın ilgisini çekti. Peygamber Efendimizin selamlarını kendisine iletti. Eğitimi ve yetişmesine katkıda bulundu. Babası Aliden de büyük ölçüde istifade etti.
Muhammed, Abdullah bin Ömer, Ebu Said el-Hudri, Cabir bin Abdullahın aralarında bulunduğu sahabelerden ders aldı. Ayrıca, Said bin Müseyyeb ve Muhammed bin Hanefiyye gibi zatların hadis ilminden istifade etti ve nakillerde bulundu. İlim ve irfan yönünden zamanında, Medinenin en büyük fıkıh alimleri arasına yükseldi.
Babasının vefatından sonra imamet görevini üstlendi ve yaklaşık on dokuz yıl sürdürdü. Bütün ilimlere olan vukufiyetinden dolayı, ilim ve fazilette üstün anlamına gelen bâkırül-ilm unvanıyla anılmaya başlandı. Maddi ve manevi ilimlerde yükselmek isteyenler kendisinden büyük bir feyz aldılar. Bu unvan ve lakabının dışında Şâkir (şükreden), Emîn (güvenilir), Hâdi (doğru yolu gösteren), Şebîh (benzeyen, benzeyici) lakaplarıyla da anılmıştır. Şebîh lakabı Peygamber Efendimize olan benzerliğinden ötürü verilmiştir.
Muhammedin babası Ali, Emevilere karşı sükunet siyasetini izlemiş ve yönetimle bir mücadele içine de girmemişti. Ayrıca, bu tür davranışlara dolaylı da olsa katılmamıştı. Kendisi de aynı yoldan giderek, mevcut idare ile mücadele içine girmedi. Daha çok ilim, irfan ve dini hizmetlerle ilgilendi. Diğer hususlarda aralarında samimi bir ilişki ve kardeşlik olduğu halde bu konuda, kardeşi Zeyd ile aynı fikirleri taşımamakta ve birbirine zıt görüşleri savunmaktaydılar. Yine, devlet yönetimi ile ilişkilerde ara sıra uyarılarda da bulundu.
Büyük bir ilim sahibi olan Muhammed Bakır, bir ara hac esnasında Emevi Halifesi Hişam bin Abdülmelik ile karşılaştı. Bu karşılaşmanın akabinde halifenin huzurunda, Abdullah bin Ömerin azatlı kölesi ve aynı zamanda alim olan Nafi ile ilmi tartışmada bulundu. Tartışma neticesinde Nafiyi ilmen mağlup etti. Bunların dışında, aralarında İmam-ı Azam Ebu Hanifenin de bulunduğu çok sayıdaki alimle ilmi müzakere ve tartışmalarda bulundu.
Ebu İshak Sebîî, Ata bin Ebi Rebah, Amr bin Dinar, İbn Şihab ez-Zührî, Rebi ibn Heysem, Haccac bin Ertad, İmam Evâî, İmam Ameş, Kasım ibn Fadl, İbn Cüreyc, İmam Buhari ve İmam Müslim gibi tanınmış çok sayıdaki hadis alimi Muhammed Bakırdan hadis nakletti. Risale-i Nurda ismi zikredilmekte olup, oğlu İmam Cafer-i Sadıkın kendisinden, Muhammedin de babası İmam Zeynelabidinden ve bunun da dedesi İmam Ali (ra)dan silsileli bir şekilde naklettikleri Peygamber Efendimizin (asm) bir mucizesine yer verilmiştir:
Fatımatü'z-Zehrâ, yalnız ikisine kâfi gelecek bir yemek pişirdi. Sonra Ali'yi gönderdi, tâ Resul-i Ekrem Aleyhissalâtü Vesselâm gelsin, beraber yesinler. Teşrif etti ve emretti ki, o yemekten her bir ezvâcına birer kâse gönderildi. Sonra kendine, hem Ali'ye, hem Fatıma ve evlâtlarına birer kâse ayrıldıktan sonra, Hazret-i Fatıma der: Tenceremizi kaldırdık; daha dolu olup taşıyordu. Meşiet-i İlâhiye ile, hayli zaman o yemekten yedik. (Mektubat, 1994, s. 117) Bediüzzaman, bu mucizeyi aktardıktan sonra, mübarek aile fertlerinin nakillerine de işaret ettikten sonra; Acaba niçin bu nuranî, yüksek silsile-i rivayetten gelen şu mucize-i berekete, gözünle görmüş gibi inanmıyorsun? Evet, buna karşı şeytan dahi bahane bulamaz. tespitinde bulunmuştur.
İmamet silsilesinin beşinci halkası olarak kabul edilen Muhammed Bakır; Medinede muhafazakar, güvenilir bir hadis nakilcisi, ilmi seviyesi yüksek, meselelerin mahiyetine nüfuz edebilen, dirayetli bir şahsiyet olarak görüldü. Hz. Ebu Bekir (ra) ve Hz. Ömere (ra) dil uzatılmasına ve aleyhlerinde konuşulmasına kesinlikle izin vermedi. Her zaman bu iki büyük sahabeye saygı, sevgi ve hürmetini dile getirdi. Hz. Hüseyinin (ra) intikamını alma bahanesiyle ortaya çıkanlara iltifat etmedi ve desteklemedi.
Muhammed Bakır, velilerin büyüklerinden olduğu gibi, büyük keramet sahibi idi. Bir yıl öncesinden, Nafi ibn Ezrakın Medinede yapacağı tahribatı haber vererek; Bir şahıs, bir yıl sonra dört kişilik bir ordu ile Medineye gelecek. Üç gün boyunca katliamda bulunarak bir çok kişiyi katledecek. Bundan büyük zarar göreceksiniz. Ondan sakınınız. diyerek Medinelileri uyardı ve kendisine tabi olanları yanına alarak Medineden ayrıldı. Olay haber verdiği gibi gerçekleşti. Bu hadiseden sonra Medineliler Onun sözlerine, verdiği haberlere büyük ehemmiyet verdiler.
İlmiyle amel eden alimlerin önemine değinerek; ilmiyle insanlığa faydalı olan bir alim, bin abidden daha üstündür. Böyle bir alimin vefatına, şeytan; bu yetmiş abidin vefatından daha fazla sevinir. Bunun dışında bazı önemli tespit ve tavsiyelerde bulunmuştur. Bir kimsenin seni ne kadar çok sevdiğini anlamak istersen, senin o kimseyi ne kadar sevdiğine dikkat et. Yani sen onu ne kadar seviyorsan o da seni o kadar seviyor demektir., Bir kimsenin kalbinde ne kadar kibir varsa, aklında o kadar noksanlık var demektir., Dünyada insana en iyi yardımcı, din kardeşlerine iyiliktir.
Muhammed Bakır, yirmi yıla yakın imamet hizmetinde bulunduktan sonra 733 yılında Medinede vefat etti. Naşı Baki Mezarlığına defnedildi.